Я думаю, что все сразу нужно класть: и слой печенья и начинку. В духовке чизы выпекают, судя по рецептам, довольно быстро, а в МВ все-таки дольше, хватит времени. В а-ля чизкейке от Лолы жидкое шарлоточное тесто кладется сразу, а печенье- то , наверное, точно пропечется, правда, есть риск что оно может засохнуть или подгореть...
А вообще, есть рецепты, где так же смешивается печенье с маслом, но не выпекается, а просто остужается в холодильнике. Вообщем, я бы сразу все положила, а если бы низ сгорел, то тихонечко его отковырнула и выбросила 
А если бы чють-чють подгорел, то можно верхнюю горелую корку потереть обычной теркой, до светлого теста и горчить не будет. 
Удачи Вам, буду держать кулачки 