Осень, а им тепла тоже хочется
Попробуй на окно поставить герань, им запах герани не нравится, вот они лететь и не будут, а самое надежное средство форточки сеткой затянуть, чтобы никакая насекомая тварь не попала. Они же у тебя через форточку попадают?
А мухи-то какие?