Недавно читала статью как раз на эту тему, автор утверждала, что правильно говорить именно "в Украину, в Украине". Словосочетание "на Украину" образовано по аналогии с "на Кубань, на Дальний Восток, на Смоленщину" и т. д. Такая конструкция применяется к регионам, областям. А поскольку теперь Украина "самостийна" и независима, правильно использовать "в", как и с названиями других стран.
На абсолютную истину не претендую.
